A Közlekedési Főfelügyelet, a Központi Közlekedési Felügyelet, a megyei (fővárosi) közlekedési felügyeletek és a Polgári Légiközlekedési Hatóság jogutódjaként a Kormány a közúti, a vasúti közlekedéssel, a hajózással, valamint a polgári légiközlekedéssel kapcsolatos közlekedési hatósági feladatok ellátására 2007. január 1-től létrehozta a közlekedésért felelős miniszter irányítása alatt működő egységes, országos hatáskörrel rendelkező közigazgatási szervet, a Nemzeti Közlekedési Hatóságot. 2007. július 1-től a Katonai Légügyi Hivatal, majd 2008. július 1-től a Magyar Vasúti Hivatal is integrálódott a Nemzeti Közlekedési Hatóság szervezetébe. A Hatóság önállóan gazdálkodó központi költségvetési szerv.

A Hatóság alaptevékenysége általános közigazgatás, ellátja a jogszabály által a feladat- és hatáskörébe utalt első- és másodfokú:

A Nemzeti Közlekedési Hatóság központi szervei a Központi Hivatal és a Stratégiai és Módszertani Főigazgatóság. A Hatóság elnöke közvetlenül vezeti a Központi Hivatalt.

Jogi személyiséggel nem rendelkező területi szervei a regionális igazgatóságok, a Kiemelt Ügyek Igazgatósága, a Pályaalkalmasság Vizsgálati Igazgatóság és a Légiközlekedési Igazgatóság. A Központi Hivatal, a Pályaalkalmasság Vizsgálati Igazgatóság, a Légiközlekedési Igazgatóság és a Kiemelt Ügyek Igazgatósága országos illetékességgel járnak el.

A regionális igazgatóságok illetékességét a közlekedési, hírközlési és energiaügyi miniszter 31/2009. (V. 22.) KHEM utasítással kiadott Szervezeti és Működési Szabályzat (továbbiakban: SZMSZ) tartalmazza.

A területi szervek által hozott döntések esetében a másodfokú hatósági feladatokat a Központi Hivatal látja el.